Die Bemühungen für die Gemeindewappen durch den damaligen Bürgermeister Heinrich Hettiger begannen im Mai 1956.
Im März 1957 wurde das Wappen bereits in der Heimatbeilage der Bayerischen Staatszeitung "Unser Bayern" veröffentlicht.
Das Bayerische Staatsarchiv in Würzburg hatte die Vorarbeiten erledigt und zunächst eine kurze Darstellung der Dorfgeschichte gefertigt. Der Antrag auf Verleihung eines Gemeindewappens wurde dann der Generaldirektion der staatlichen Archive Bayerns in München zugeleitet.
Privatdozent Dr. Dr. Friedrich Merbacher, München, arbeitete die Entwürfe aus: einen kolorierten federgezeichneten Originalentwurf, farbige Reinzeichnungen für die Gemeinde, für das Hauptstaatsarchiv in Würzburg, für das Landratsamt, für die Regierung von Unterfranken und für das Staatsministerium des Innern. Außerdem eine Schwarz-Weiß-Zeichnung für die "Staatszeitung" und als Vorlage für den Siegelschnitt, der beim Bayerischen Hauptmünzamt in München hergestellt wurde.
Die Anregung durch Bürgermeister Heinrich Hettiger, den man als eigentlichen Vater des Wappens bezeichnen kann, einen "Hafen" als Sinnbild der Töpferei und einen Wellenbalken als Sinnbild für den Wasserlauf Hafenlohr in das "redende" Wappen aufzunehmen, fiel auf fruchtbaren Boden. Der Tonkrug, ein sogenannter "Milchhafen", soll als heraldisches Sinnbild für das hier seit Jahrhunderten ansässige Töpfergewerbe dienen.
Die Farbzusammensetzung erinnert an die Wappenfarben der Grafen von Rieneck (Gold und Rot) und an die Farben des früheren Hochstifts Würzburg (Weiß und Rot).
Das Hafenlohrer Wappen wurde inzwischen in Ton, Zinn und Glas hergestellt.
1990 fertigte Markus Ritter als Gesellenstück ein Wappen aus Bundsandstein mit der Jahrzahl 1324. Dieses gewichtige Wappen wurde der Gemeinde als Geschenk von Markus Ritter und dessen Lehrherrn Steinmetzmeister Bernd Hofmann überlassen. Es ist am Rathaus in Hafenlohr angebracht.